Mark of the Ninja består av stealthorienterade 2D-plattformar.Karaktären krävs för att smyga igenom en serie miljöer medan han håller sig utom synhåll för vakter och utför tyst nedtagning.Nivåerna är indelade i områden med ljus och mörker;spelarens karaktär är osynlig i den senare.Ljud som att springa kan också ge bort spelarens karaktärs placering och representeras visuellt av en snabbt expanderande cirkel.Ovanligt för en plattformsspelare, Mark of the Ninja använder en siktmekaniker, vilket innebär att fiender som skulle vara osynliga för karaktären också är osynliga för spelaren, även om deras ljud representeras på skärmen på samma sätt som spelarens karaktär ..... Genom att närma sig fiender som inte upptäcks kan spelarens karaktär utföra ett slag med ett slag.För att underlätta detta kan spelaren släcka ljuskällor, gömma sig bakom föremål och passera genom smala galler och axlar som är otillgängliga för fiender.Om de upptäcks måste de undvika sina fiender och förbli utom synhåll under en bestämd period, varefter fiender kommer att återvända till sina ursprungliga positioner och avrättningar med en hit kommer återigen vara möjliga.Fiender svarar på sin miljö och varandra;de kommer att ljuda larm om de upptäcker spelarens karaktär eller hittar en kropp, som kommer att varna alla fiender i området.Om de hör ett ljud eller får en glimt av spelarens karaktär blir de misstänksamma, visar ett frågetecken över huvudet och söker aktivt efter spelarens karaktär.Plott: Spelets berättelse börjar med en attack av en väpnad styrka på en ninja-bas.Den icke namngivna huvudpersonen, som gått ut efter att ha fått en tatuering, väcks av en kvinnlig ninja som heter Ora.Genom att samla utrustningen kan ninja besegra soldaterna och rädda sin herre, Azai, tillsammans med sina andra följeslagare.Azai berättar för honom om kraften i hans tatuering och legenden kring den och förklarar hur bläcket kommer från en speciell ökenblomma som ger speciella färdigheter, men till en kostnad ...