Cytoscape är en programvara med öppen källkod för att visualisera komplexa nätverk och integrera dessa med alla typer av attributdata.Det finns många plugins för olika sorters problemdomäner, inklusive bioinformatik, analys av socialt nätverk och semantisk webb.Cytoscape stöder många användningsfall inom molekylär och systembiologi, genomik och proteomik: Ladda uppsättningar för molekylära och genetiska interaktioner i många format Projekt och integrera globala datamängder och funktionella kommentarer Upprätta kraftfulla visuella kartläggningar över dessa data Utför avancerad analys och modellering med Cytoscape-plugins Visualiseraoch analysera mänskliga kuraterade sökvägsdatasätt som Reactome eller KEGG.