VMD kan arbeta med mycket stora strukturer upp till gränserna för tillgängligt minne.64-bitarsversionerna av VMD gör det möjligt att ladda simuleringsbanor med stor storlek och lång tid i fysiskt minne och rymma stora volymetriska datasätt.Den 64 miljoner atom-HIV-kapsidsimuleringen som beskrivs i den 30 maj 2013-numret av Nature är ett förstklassigt exempel på vad som kan göras med VMD på en lämpligt utrustad grafikarbetsstation.HIV-1-modellen förbereddes för simulering med användning av strukturbyggnadsverktyg och skriptfunktioner hos VMD användes senare för bananalys.Helatomstrukturen för HIV-1-kapsiden visad på Nature-locket gjordes inom VMD med användning av den inre Tachyon-strålspårningsmotorn och komponerades sedan med en konstnärlig representation av det virala höljet och Nature-omslagstexten....