VMD kan arbeta med mycket stora strukturer upp till gränserna för tillgängligt minne.64-bitarsversionerna av VMD gör det möjligt att ladda simuleringsbanor med stor storlek och lång tid i fysiskt minne och rymma stora volymetriska datasätt.Den 64 miljoner atom-HIV-kapsidsimuleringen som beskrivs i den 30 maj 2013-numret av Nature är ett förstklassigt exempel på vad som kan göras med VMD på en lämpligt utrustad grafikarbetsstation.HIV-1-modellen förbereddes för simulering med användning av strukturbyggnadsverktyg och skriptfunktioner hos VMD användes senare för bananalys.Helatomstrukturen för HIV-1-kapsiden visad på Nature-locket gjordes inom VMD med användning av den inre Tachyon-strålspårningsmotorn och komponerades sedan med en konstnärlig representation av det virala höljet och Nature-omslagstexten....
vmd--visual-molecular-dynamics
kategorier
Alternativ till VMD - Visual Molecular Dynamics för Windows
![Jmol](https://i.altapps.net/icons/jmol-8fb1.png)
3
![Rasmol](https://i.altapps.net/icons/rasmol-98713.png)
2
![pymol](https://i.altapps.net/icons/pymol-12142.png)
1